Catatan Si Boy mengisahkan tentang seorang mahasiswa bernama Boy (Angga Yunanda) yang digambarkan sebagai manusia yang tampan yang kaya dan memiliki kepribadian yang menyenangkan. Boy menjadi salah satu mahasiswa yang banyak dikagumi oleh teman perempuannya yang ingin sekali menjadikannya sebagai kekasih.Namun, Boy sudah memiliki kekasih bernama Nuke (Syifa Hadju) yang harus melanjutkan pendidikan di luar negeri. Saat Nuke sedang sekolah di luar negeri, ia tiba-tiba menghilang dan memutus kontak dengan Boy. Dia malah menjalin asmara dengan perempuan lain bernama Vera (Alyssa Daguise). Vera adalah sosok mahasiswa baru yang juga memiliki wajah cantik dan berusaha menyembuhkan luka di hati Boy. Kemudian Jeffrey, mantan pacar Vera menghampiri Boy karena tidak suka jika mantannya berhubungan dengan Boy. Suatu hari kemudian, Nuke tiba-tiba datang kembali ke Boy yang membuat situasi semakin membingungkan.